Клубень — видоизменённый побег растения с утолщённым стеблем из одного или нескольких междоузлий (иногда утолщённое подсемядольное колено или часть корня).

Надземные клубни обычно зеленые и имеют листья, на подземных клубнях листья редуцированы.

Термин «клубень» используется в фармакогнозии.