Кишечник складывается из четырёх оболочек — серозной, мышечной, подслизистой и слизистой.
Серозная оболочка пищеварительного тракта описана нами в соответствующей статье.
Мышечная оболочка кишечника состоит из гладкомышечных волокон, и имеет два слоя — наружный продольный и внутренний циркулярный.
В толстом кишечнике продольные волокна располагаются на равномерно, по всей поверхности, как в тонком, а образуют три продольных тяжа, называемых лентами (taeniae), сокрашение которых придаёт толстому кишечнику вид последовательности мешочков (sacculi). Мышечные ленты слепой кишки ведут к червебразному отростку, что полезно при отыскании аппендикса. В прямой кишке три отдельных тяда снова превращаются в один сплошной слой, но утолщённый в передней и задней части.
Циркулярный, или кольцевой мышечный слой кишечника всегда толще, чем продольный. Его толщина постепенно уменьшается от двенадцатиперстной кишки до подвздошной, но в толстом снова нарастает. Таким образом, наибольшую толщину циркулярный мышечный слой имеет в двенадцатиперстной и прямой кишке.
Подслизистая оболочка кишечника очень прочна, и состоит из рыхлой волокнистой соединительной ткани, в которое ветвятся сосуды.
Слизистая оболочка кишечника толстая и насыщена сосудами, внутренний её слой — эпителий, образующий кишечные железы, а кнаружи лежит базальная мембрана, покрытая сетчатой тканью, которая отделяет слизистую оболочку от подслизистой очень тонким слоем гладких мышц, называемых мышечной пластинкой слизистой оболочки (muscularis mucosae).
В двенадцатиперстной и тощей кишке слизистая оболочка приобретает круговые складки (valvuli conniventes), начинающиеся в 3 см от привратника и постепенно сходящие на нет к подвздошной кишке.
Примерно в 10 см от привратника общий желчный проток и проток поджелудочной железы образует сосочек, над которым одна из круговых складок делает навес, а под ним имеется вертикальная уздечка (frenulum).
Поверхность слизистой оболочки тонкого кишечника выглядит бархатистой, из-за наличия на ней множества близко расположенные крохотных ресничек (villi).
По всей длине кишечного тракта имеются мелкие образования из лимфоидной ткани — солитарные лимфатические фолликулы, особенно много их в слепой кишке и аппендиксе, тогда как в подвздошной кишке они собираются в овальные образования, называемые «Пейеровы бляшки», имеющие по длинной оси размеры от 1 до 10 см и лежащие продольно вдоль оси кишечника. Пейеровы бляшки всегда располагаются в местах максимально удалённых от крепления брыжейки.
В просвете прямой кишки имеются три поперечные складки (plici recti, складки Хьюстона), расположенные одна над другой, выступающие в её просвет и соответствующие латеральным изгибам. Она расположены не на одной линии и обычно более выражены с правой стороны. В анальном канале имеются четыре или пять складок — заднепроходные столбы, или анальные колонки Морганьи.